漁場の整備に必要な調査として、漁礁の設置地点検討に伴う海底地形調査、漁礁設置後の状況を確認するための潜水士による確認を始めとし、水中写真、水中ビデオ撮影等による施設状況の把握を行っています。また、漁場や養殖産業への直接的な被害を及ぼす赤潮の原因となる有害植物プランクトンの発生数調査についても実施しておりこれらについても継続的な調査を行って傾向を把握することにより事前の対策及び実際の赤潮発生時における早期対策が可能となっています。

沖合における底生海藻、底生動物の現場実態を調査することで、海域の藻場を形成する海藻相、動物相及び海藻現存量の経年変化を明らかにし、埋立工事や処理場からの排水による環境への影響を調査しています。また、処理場沖合に水温塩分の観測ブイを設置することで、水質の変動をモニタリングし、近年、問題となっているノリの色落ち問題や漁獲量の低迷の原因を追究しています。これらの調査を継続的に行うことで、海洋環境に関する基礎的なデータを収集し、永続的な水産資源の活用を目指しています。

様々な海域において、環境対策検討用の資料や浚渫等の港湾工事によって発生する土砂の処分方法検討（埋め立て・海洋投棄等）に使用する資料を得るためには当該海域において、底質試料採取を行ったうえで、成分分析試験を実施し、底質試料の化学的、物理的特性を把握する方法がとられています。
実作業としては、現地にて採取した底質試料について分析試験を実施し、生態系に影響を及ぼす重金属等の有害物質量、水質汚濁の原因とされるCODや強熱減量等の有機物に関する指標、底生生物の状況や粒度組成及び湿潤密度といった物理特性について把握したうえで、底質の状況について分析試験結果に基づく総合的な判断をします。